埃及军方借统一的名义，加强对叙利亚军事力量的控制。埃及军队驻扎叙利亚，一部分叙利亚军队调往埃及，不少高中级军职人员被调动或免职，甚至让一些年轻军官退役领取养老金，还将一部分原叙利亚军队的武器装备调运到埃及。叙利亚军人对这些行动十分不满。还有，叙利亚的军政和经济大权大多操纵在埃及人手里。在叙利亚地区，除少数坚定的纳赛尔主义者外，大多数叙利亚人由不满埃及人的控制转向反对叙、埃合并。可埃及的情报机构和埃及舆论，掩盖了事情的真相，使纳赛尔和其他埃及领导人仍沉醉于阿拉伯统一事业的梦幻之中，造成了无法挽救的错误。
随着局势的不断恶化，中央内阁中有越来越多的叙利亚部长辞职。后来，纳赛尔认为惟有消灭“地区主义”才能实现真正的统一，于是成立了单一的内阁和议会——民族联盟。负责内政的副总统、前叙利亚地区执行委员会主席阿卜杜勒·哈米德·萨拉杰代表叙利亚政界人士表示反对使叙利亚失去自治的做法，提出了辞呈。后萨拉杰被软禁在家乡。阿密尔元帅从开罗返回大马士革后，即对反对派实行清洗。这使多数叙利亚人失去了最后一点希望，成为爆发脱离联盟的政变导火线。以阿卜杜勒·卡里姆·扎赫雷丁将军、阿卜杜勒·加尼·达赫曼准将为首的军人集团开始积极策划军事政变。