“癸卯学制”规定的教育系统可分为四段七级。第一段为学前教育，即蒙养院（幼稚园），不定年限。第二段为初等教育，共9年，分2级：初等小学堂5年，高等小学堂4年。第三段为中等教育5年，只有1级，即中学堂5年。第四段为高等教育11至12年，分为3级，高等学堂或大学预科3年；大学堂3至4年；通儒院为最高学府，学习和研究期限为5年。学生入学年龄为6岁，从小学到大学毕业需要20至21年，如修完通儒院学业需要25至26年。此外，与初等小学同级的，还有艺徒学堂，半年至4年毕业。与高等小学同级的有实业补习普通学堂，初等农工商实业学堂，都是3年毕业。与中学堂同级的有初级师范学堂，中等农工商实业学堂，也都是5年毕业。与高等学堂同级的有优级师范学堂、实业教员讲习所、高等农工商实业学堂、进士馆与译学馆等。
上述“癸卯学制”一直沿用到清王朝灭亡为止。中间也有些变化，例如1907年，清政府颁布《女子小学堂章程》和《女子师范学堂章程》，使女子有了接受教育的机会。女子小学分初高两级，修业四年，都较男子同级学校少一年，且男女不得同校。1909年变通《初等小学堂章程》，小学分五年制完全科及四年制、三年制的简易科。1910年小学一律改为4年。次年，中央教育会议决议小学四年的教育为义务教育。中学教育方面，1909年仿德、法学制，实行文理分科。在成人教育上，从1905年以后推行补习教育。1905年学部成立后，还规定了各项留学章程，对留学资格、管理、奖励办法等都作了规定，逐步形成了一套留学制度。