又设置了大宗正府，负责审理诸王、驸马投下中蒙古色目人的犯罪案件和汉人南人中的重大刑事案件，与前代宗王府主要管理皇族事务有所不同。
大蒙古时期的最高刑政长官札鲁忽赤，因为中书省宰执分割了他的行政权，于是变成了大宗正府单一的司法长官。忽必烈在中央还设有宣徽院，除掌管前代宣徽院所掌管的朝会、宴享、祭祀、礼仪、御膳等事务外，还掌管征收漠北蒙古人赋税、诸王宿卫怯怜口名籍、选送和推荐怯薛人员、抚恤蒙古部落，等等。还设置翰林国史院，负责纂修国史、起草制诰文书、备皇帝顾问等。又创设通政院掌管全国驿站，大司农司掌管全国农桑水利等。
经过一番改革和整顿，大蒙古国时期中央机构残缺、没有章法的混乱局面，迅速改观。办事紧张而有规律，系统而不紊乱，皇帝应用起来得心应手，更便于运筹帷幄、收效于千里之外了。
各族参用稳地方
忽必烈在改革中央机构的同时，对地方机构也做了改革和整顿，创立了行省制度。
成吉思汗建立大蒙古国时，实行领户分封制，将草原牧民按十进位分别编制为十户、百户、千户和万户，分封给自己的子弟、贵戚和功臣等。
蒙古入主中原以后，“随事创立，未有定制”,地方制度十分混乱不堪。